在合并兼并下，合并價差已經分攤到被合并企業的可辨認凈資產和商譽(或負商譽)中，不再作為獨立項目出現在資產負債表中。編制合并會計報表時(控股合并下)，合并價差有不同的處理方法：

1.將合并價差分為兩部分：被合并企業的公允價值和賬面價值與商譽(或負商譽)的差額，在有效年度內分期攤銷商譽或負商譽，并轉入合并利潤表。被合并企業凈資產的公允價值與賬面價值之間的差額，按照資產的使用壽命或負債的存續期進行攤銷，并調整相關費用或成本。

2.合并價差不分為被合并企業凈資產的公允價值與賬面價值之間的差額和商譽(或負商譽)，也不需要攤銷，而是作為合計計入合并資產負債表。1995年2月財政部頒布的《合并會計報表暫行規定》規定：“母公司對子公司的權益性資本投資項目金額與母公司在子公司所有者權益中所占份額相互抵銷，抵銷過程中發生的合并價差作為合并資產負債表中的‘合并價差’項目單獨反映(為貸方余額時反映為負數)”。